| Animalario |
| Cátedra de Lengua y Cultura Vasca |
| Cátedra de Patrimonio y Arte Navarro |
| Cátedra Félix Huarte |
| Cátedra Garrigues de Derecho Global |
| Cátedra María Egea |
| Centro de Documentación Europea |
| Centro de Documentación y Estudios Josemaría Escrivá de Balaguer (CEDEJ) |
| Centro de Estudios de Ecología Urbana |
| Centro de Estudios e Investigaciones Técnicas de Guipúzcoa (CEIT) |
| Centro de Estudios Europeos (CEE) |
| Centro de Investigaciones de Historia Moderna y Contemporánea |
| Centro de Investigación en Farmacobiología Aplicada (CIFA) |
| Grupo de Investigación en Filosofía y Economía |
| Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) |
| Centro de Investigación y Desarrollo Biomédico (CIDEB) |
| Clínica Universidad de Navarra (CUN) |
| Escuela de Práctica Jurídica |
| Escuelas profesionales de la Facultad de Medicina |
| Grupo de investigación Siglo de Oro (GRISO) |
| Grupo de investigación sobre Ciencia, Razón y Fe (CRYF) |
| Seguridad en el laboratorio |
